İTO Başkanı Yalçıntaş'ın bir televizyon programında imam hatip liseleriyle ilgili bir proje geliştirdiklerini anlattığının hatırlatılması üzerine Yıldırım, "İmam hatibe gelinceye kadar kendi üniversitesini düzeltsin" yorumunda bulundu. İTO Üniversitesi'nin bilimsel üretimde sonuncu olduğunu söyleyen Yıldırım, "Biz orayı bunun için mi kurduk? Talebeyi İTO söğüşlesin diye mi kurduk? İstanbul'u bir yere taşısın diye kurduk. Üniversiteye proje yaptırsınlar" diye konuştu. İTO'nun kasasında para olmadığı iddialarını ve suçlamaları da değerlendiren Yıldırım, "Ben ayrılırken İTO'da 35 milyon dolar, İTO Vakfı'nda 2 milyon dolar ve üniversitede de 15 milyon dolar bıraktım" dedi.
