Ergenekon'un örgüt şeması

Ergenekon iddianamesinde örgütün temel prensibi olan gizlilik nedeniyle örgütün gizli yapılanmasını teşkil eden "GİZLİ ERGENEKON" yapılanmasının birçok dairesi deşifre edilemediği ancak örgütün sivil yapılanmayı oluşturan "LOBİ" yapılanmasının birçok birimiyle birlikte deşifre edildiği vurgulandı. Ergenekon, örgütün "Başkan"a doğrudan bağlı olan 4 "Daire Komutanlığı" ile 2 "Sivil Başkanlık"tan oluştuğu belirtilen iddianamede komutan ve başkanlarının birer asistan ile birer de bölüm uzmanından oluşan iki yardımcısı bulunduğu ifade edildi. İddianamede bu ünitelerin komutan ve başkanlarının birbirlerini tanımalarında hiç bir sakınca olmamakla birlikte, birbirlerinin görev ve sorumluluk alanlarını bilmemeleri esası bulunduğu kaydedildi.

DERİN ERGENEKON
Ayrıcalık tanınabilecek tek bölümün "Operasyon Dairesi Komutanlığı" olduğu vurgulanan belgelerde Ergenekon içinde "Derin Ergenekon" olduğu da şöyle ifade edildi: "Kontrol Dairesi: Bu dairenin varlığından Ergenekon Örgütü Başkanı/Komutanından başkaca hiç kimsenin bilgisi olmaması kesin bir gerekliliktir. Bu dairede yer alan ajanların ilk görevi; operasyon alanı içinde bulunmak, operasyon esnasında temizleme ve ortadan kaldırma gibi işlemlerde doğabilecek sorunları çözümlemektir, İkinci bir görevleri, karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan veya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürmektir. Bir ajanın sonun başlangıcında olduğunun ilk işareti, örgüte ve ajanlarına karşı sorumluluk alanında yarar sağlamamaya başladığı süreçtir. Kontrol Dairesinde görevlendirilecek ajanlar, mutlaka Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinden ve özel operasyon ünitelerinden çok dürüst, güvenilir kişilerden seçilmelidir. Bu ajanlar merhametsiz olmalı ve bağımsız görev yapabilmelidirler. Emirleri doğrudan Ergenekon Komutan'ından almalıdırlar, üst yöneticiler ve örgüt personeli ile ajanları tarafından bilinmemelidirler."