Diyanet İşleri Başkanlığı, Türkiye'nin kanayan yarası terörle mücadele için de atağa geçti. Diyanet'e 2009 bütçesinden 2.4 milyar YTL ayrıldı. Acil eylem planı kapsamında teröre maruz kalan bölgelerde camilerin yapım ve onarımına 2009'da 30 milyon YTL, 2010'da da 20 milyon YTL aktarılacak. Bölgenin dini hassasiyetleri, aşiret yapısı, dini cemaatler, tavırları, toplum önderleri ve sivil toplum yapısı irdelenecek. Kuran kurslarında çocukların dağa çıkmasını engelleyecek vaazlar verilecek, ekipler il il dolaşarak teröre karşı birlik ve beraberlik içinde olunması mesajı verecek. Bunun yanı sıra, eğitim kültür tesislerinin yapımına hız verilecek, bu merkezlerde kütüphane, TV stüdyosu, kongre ve spor merkezi de yer alacak. Kadın ve erkek din görevlileri, uzman takviyesi yapılacak. Kadın vaizler bölge kadınlarının sorunlarını dinleyecek, çocukları terörden uzak tutmanın yollarını anlatacak. Diyanet, bölgedeki çalışmalarını Milli Eğitim başta olmak üzere devletin ilgili kurumları ile koordineli yürütecek. Bölgedeki ilahiyat fakülteleri cazibe merkezine dönüştürülecek.