TBMM Başkanı Köksal Toptan, Ergenekon operasyonları kapsamında gözaltılar için "usul" uyarısı yaptı. Toptan, Prof. Dr. İzzet Özgenç'in gözaltına alınış biçimiyle ilgili yaptığı uyarıya katıldığını belirterek şunları söyledi: "Rahat ulaşılabilecek, ifadesi alınabilecek kişilerle ilgili daha farklı yöntem uygulanabilirdi. Sonuç itibariyle Prof. Haberal dünyanın çok iyi tanıdığı bir bilim adamı. Diğer rektörler de, bilim adamları da Türkiye'nin dünya için, Türkiye için yetiştirdiği bilim adamları. Elbette bir suçu varsa gereği yapılmalıdır. Bunda tartışma yok. Yöntemde daha farklı bir yol izlenebilirdi." Türkiye Sanayi ve İşadamları Derneği (TÜSİAD) soruşturmaya ilişkin olarak, "Ergenekon soruşturması müddetince yaşanan olayların toplumda soruşturmaya yönelik belli bir şüphe uyandırdığını ve bu şüphenin en başta yargı erkinin saygınlığını aşındırabileceğini düşünüyoruz'' değerlendirmesini yaptı.