İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı yetkililerinden alınan bilgilere göre, KKTC'de başlatılan soruşturmanın Türkiye'deki Ergenekon soruşturmasıyla hiç bir ilgisi bulunmuyor. KKTC'deki soruşturmanın tamamen kendi iç hukuk sistemlerine göre yürütüldüğü öğrenildi. Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan ikinci iddianamede Rauf Denktaş'ın örgütün Türkiye'deki oluşumunun başına getirilmek istendiği bilgisine yer veriliyor. Ergenekon davasında yaklaşık 1 yıl kadar tutuklu kaldıktan sonra tutuksuz yargılanmak üzere tahliye edilen Vedat Yenerer kendisine ait internet sitesinde Rauf Denktaş'a 2004, 2005 ve 2006'da "Yılın Kuvvacısı" plaketi vermişti. İkinci iddianamede ayrıca İP Genel Başkanı Doğu Perinçek öncülüğünde kurulan Talat Paşa Komitesi ve KKTC ulusal dava kuruluşlarının Denktaş'ın başkanlığında 1-2-3-4 Kasım 2007 Kasım 2007'de Kıbrıs'da toplandığına dair bir belgede yer alıyor.
KKTC VATANDAŞLIĞI TARTIŞMASI Ayrıca "Talat Paşa Komitesi Genişletilmiş Yürütme Kurulu ve KKTC ulusal dava kuruluşları" başlıklı listede tutuksuz sanıklar Ferit İlsever, Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu, İbrahim Benli'nin isimleride yer alıyor. Ergenekon tutuklusu Mustafa Özbek ile Muzaffer Tekin başka bir suçtan tutuklu bulunan Semih Tufan Gülaltay'ın KKTC kimliği ve pasaportu bulunuyor. Yine ATO eski başkanı Sinan Aygün'de KKTC vatandaşı olmuş ancak daha sonra yargı yoluyla iptal edilmişti. UBP önümüzdeki hafta yapılacak seçimleri kazanmaları durumunda Aygün'ün pasaportunu yenileme sözü vermişti. Yine Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan Levent Ersöz'ün gözaltına alınmadan önce Kıbrıs'a kaçmayı planladığını iddia edilmişti. Bunları Kıbrıs'da yaşanan savaş döneminde kurulan TMT'nin (Türk Mukavemet Teşkilatı) Özel Harp Dairesi örgütlemişti.