El Kaide, Papa'nın Türkiye ziyaretini hedef aldı. Bir internet sitesinde Irak'taki El Kaide imzasıyla yer alan açıklamada "Papa'nın ziyareti, Haçlı liderlerin başarısızlığından sonra İslam toprağında haçlı kampanyasına yeni bir momentum kazandırmak amacını taşıyor" denildi. Böyle bir ziyaretin Türkiye'yi İslam toplumundan uzaklaştırmak için düzenlenmiş olduğunu belirten El Kaide açıklaması şöyle devam etti: "Bu ziyaret büyük çoğunluğu Müslüman olan bir ülkeye yapılarak Müslüman kardeşlerimizin içindeki İslam ateşi söndürülmeye çalışılıyor. Ve Atatürk tarafından ortaya konan laiklik bataklığının sürmesi sağlanmaya çalışılıyor." Vatikan Sözcüsü Lombardi ise terör örgütü El Kaide'ninaçıklaması "Bu tür açıklamalar, tüm inançların, şiddete birlikte karşı koymaları gerektiğini gösteriyor" şeklinde değerlendirdi.