Proje aşamasında bile büyük tartışmalara yol açan Dubai Towers, Hazine engeline takıldı. Dubai veliaht prensi El Maktum'un, burgu şeklinde ikiz kule inşa etmeyi planladığı Levent'teki İETT garajının 1000 metrekaresi hazine malı çıktı. İstanbul Büyükşehir Belediyesi, hazine payını almak için Maliye Bakanlığı Milli Emlak Genel Müdürlüğü ile temasa geçti. Belediye, "bedeli karşılığı arsa payını alma" veya "İstanbul'un başka bölgelerindeki arsalarını takas etme" önerisi getirdi. Maliye yönetimi öneriyi incelemeye aldı. Bu arada, arsa payı için milli emlak uzmanlarından ekspertiz istendi. İlk belirlemelere göre, Levent'teki İETT garajında hazine malı olarak görülen arsanın metrekaresi için 6 bin 500 YTL değer biçildi. Böylece 1000 metrekarenin bedeli 6.5 milyon YTL olarak hesaplandı. 46.6 bin metrekarelik İETT garajı ilk olarak 1998 yılında satışa çıkmış ve araziyi işadamı Ali Haydar Veziroğlu 105 milyon dolarlık teklifle almayı başarmıştı. Ancak ihalenin ardından Barış Partisi'ni kuran ve finans sorunu yaşayan Veziroğlu, araziden vazgeçmek zorunda kalmıştı. Araziye talip olan ikinci isim ise Organizatör Ahmet San'dı. 2004 yılında 400 milyon dolar teklif eden San, başvurusuna herhangi bir yanıt alamadı. İstanbul Büyükşehir Belediyesi ise arsa karşılığında, Dubai Towers'tan yüzde 20 pay almayı planlıyor. 500 milyon dolar bedelli projeden belediyeye arsa için 100 milyon dolar kalıyor. Bu tutar arazinin değerine göre yetersiz bulunuyor.
