Türkiye'nin çok önemli faili meçhul cinayetlerini ortaya çıkarmak için mücadele ettikleri dönemde Susurluk kazasıyla birlikte farklı bir tartışmanın başladığını belirten Avundukluoğlu, şöyle dedi: "Susurluk komisyonu bizim komisyondan sonra kuruldu ama kamuoyu ve medya desteği Susurluk olayının üzerine daha fazla gitti. Yaptığım tespitleri bırakın halka kendi partimin içerisindeki arkadaşlara duyuramadım. O dönem partimin genel başkanı Tansu Çiller dahil. Çiller'le maalesef ters düştük. Raporumda yer alan illegal yapılanmayla ilgili tespitlerimden huzursuzluk duyanlar Çiller'i benim aleyhime yönlendirdiler, 3 kez randevu talebime rağmen görüştürmediler."