Hükümet, tasarının görüşmeleri sırasında, af niteliği taşıdığı için 330 oyla kabul edilmesi gereken maddeleri, gerekli çoğunluk sağlanamayacağı için tekrar Plan ve Bütçe Komisyonu'na çekti. Tasarının 37'inci, geçici 4- 6-8-9-10-11-13'üncü maddeleri Plan Bütçe Komisyonu'nda görüşülerek ayrı bir kanun olarak getirilecek. Komisyon'a geri çekilen diğer maddeler şöyle: Ödenmeyen kadastro yenileme harçlarına af getirilmesi, Petrol Kanunu uygulamaları dolayısıyla yabancı şirketlere 1995-97 yıllarındaki kur farkı ödemeleri nedeniyle 9 Hazine bürokratına çıkarılan 8.9 trilyon lira tutarındaki borcun kişi borçları hesabına alınarak terkin edilmiş sayılması, Vergi Barışı Kanunu uyarınca yüzde 10 uygulanarak alınan geç ödeme zammı oranı 1 Ocak 2004'den geçerli olmak üzere yüzde 5'e indirilmesi, İlgili trafik sicilinde adlarına kayıt ve tescilli bulanan motorlu kara taşıtlarını, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten itibaren 3 ay içinde kayıt ve tescilleri silinmek ve hurdaya çıkarılmak şartıyla il özel idarelerine bedelsiz olarak teslim eden gerçek ve tüzel kişilerin, ödenmemiş motorlu taşıtlar vergisi ile gecikme zammı, faiz ve vergi cezalarının silinmesi, Mazbut vakıfların mal varlığından tahsil edilemeyen veya tahsil edilemeyeceği anlaşılan amme alacaklarının silinmesi, 2 Ocak 2004 tarihinden önce kurulmuş vakıflara ait taşınmazlara kira gelirleri dolayısıyla vergi tahakkuk ettirilmemesi, gelir vergisi tevkifatlarının terkin edilmesi, Süresinde kapatılmayan ihracat taahhütlerine ilişkin kredilerin BSMV ve KKDF affı.
