İçişleri Bakanlığı MERNİS'le ilgili olarak müfettişlerin devreye girmesinin söz konusu olmadığını 1 Kasım 2004'te sistemin düzeltilmesi için yapılması gerekenlerle ilgili bir teftiş kurulu raporu olmadığını açıkladı. Bakanlıktan yapılan açıklamaya göre, haberlerde yer alan teftiş kurulu başkanlığının talebiyle bir çalışma grubu oluşturulduğuna ilişkin iddialar da gerçek dışı. Açıklamada 27 Eylül 2004'te kurulan çalışma grubunun rutin bir iş olduğuna işaret edildi.