İDDİAYA göre Saffet Karakoç, ilk olarak El Kaide'nin Türkiye Emiri olarak bilinen Habib Aktaş ile arkadaşlık kurdu. Müslüman Gençlik grubunun kamplarında Aktaş'ın en güvendiği isimler arasına girdi. Rus-Afgan savaşında, Afganistan'ın Pakistan sınırında bulunan kamplarında aldığı askeri eğitimin ardından örgütte öne çıkan isimlerden oldu. El Kaide'nin ikinci ismi ve askeri kanat sorumlusu El Zevahiri ile tanışmasıyla hayatı değişti. Geçen yaz Türkiye'de yakalanan El Kaide Ortadoğu sorumlusu Luia Sakra ile birlikte özel eğitime tabi tutulan Karakoç, El Zevahiri'nin sağ kolu olacak kadar yükseldi. Planladığı Madrid ve İstanbul'daki sinagog saldırılarının ardından örgütün İspanya sorumluluğuna getirildi. Bir başka iddia göre Karakoç, Amerika'nın Irak'a saldırmasının ardından 2003-2005 arasında 100'ün üzerinde intihar komandosunu Irak'a soktu.
