SSKhastanelerinin Sağlık Bakanlığı'na devri ile ve SSK'lıların ilaçlarını serbest eczanelerden temin etmeye başlayacak olması hiç akla gelmeyen bir sorunu da gündeme taşıdı. Kurumun İstanbul'daki ilaç fabrikası sahipsiz kaldı. Türkiye'de ISO 9002 kalite belgesine sahip tek ilaç fabrikası olan tesis, 1979'da 4 milyon 858 bin dolara mal edilerek 'kar amacı gütmeksizin' kuruldu. Buna rağmen SSK'ya dolaylı yoldan kar sağladı. 35 milyon SSK'lının ilaç ihtiyacının büyük bir kısmının ucuza mal edildiği Şişli'deki bu fabrika sayesinde 15 yılda tam 120 milyon dolarlık tasarruf gerçekleştirdi. Şişli'deki ilaç fabrikası, yasa gereği ürettiği ilaçları SSK dışında başka bir kuruma ya da serbest eczanelere satamıyor. Kısa zamanda bir alıcı çıkmazsa şu anki değeri yaklaşık 50 milyon doları bulan fabrikanın kapısına kilit vurulacak. Bu ihtimal de en çok fabrikada çalışan 110 işçinin geleceğini etkileyecek.
