DARÜLACEZE'NİN son 5 yıllık faaliyetlerini inceleyen İçişleri Bakanlığı mülkiye müfettişleri ciddi bir yolsuzluğu ortaya çıkardı. İnceleme sonucunda hazırlanan 3 Temmuz 2000 tarihli raporda, talana Darülaceze Müdürü olan İstanbul Vali Yardımcısı M. Ata Aksoy ile 325 kişinin katıldığı ifade edildi.
Şişli Başsavcılığı'na iletilen rapora göre; kurum 2000'de 39 milyar 520 milyon, 1999'da 14 milyar 302 milyon, 1996'da 1 milyar 565 bin, 1995'te ise 1 milyar 483 bin lira gelir tahsil etti. Bu paralar gelir olarak kaydedilmesi gerekirken, fazla çalışma ücreti adı altında, zarflarla personele dağıtıldı.
Raporda, "Söz konusu paralar kuruma aittir. Bu nedenle sözkonusu gelirlerin Darülaceze bütçesine gelir olarak kaydedilmek üzere Darülaceze'nin banka hesaplarına aktarılması gerekirdi" denildi.
Durgun'un görevli olduğu dönemde kuruma ait elektronik eşyaların tamir görevini akrabasına vererek peşkeş çektiği, Özuğur Canlı Hayvan Şirketi'ne usulsüz olarak yer kiraladığı, lojmanına kurum içinden mobilya taşıdığı da raporda ifade edildi.
Durgun'un kurumda kullanılacak keresteleri kendi memleketinden getirdiği; hemşehrisi olan satın alma şefi Mustafa Eşgül ile işbirliği yaptığı da ileri sürüldü.
Merkez Valisi Hasan Pakır tarafından İçişleri Bakanlığı'na sunulan yazıda ise İstanbul Vali Yardımcısı, eski Darülaceze Müdürü M. Ata Aksoy hakkında çarpıcı suçlamalara yer verildi.
Birçok suçlamanın yanısıra Aksoy'un idare meclis kararı olmaksızın, kendisini kurumun temsilcisi olarak atadığı, ardından bu görevine karşılık kendisine 175 milyon lira maaş bağladığı, vakıftan aynı şekilide 175 milyon lira maaş aldığı belirtildi.
Şişli Cumhuriyet Savcılığı bu rapor üzerine Aksoy, Durgun ve 325 personel hakkında "zimmet" suçundan soruşturma başlattı. Soruşturma sonucundan dava açılırsa, tüm sanıkların 5 yıla kadar hapis istemiyle, ağıd ceza mahkemesinde yargılanacağı bildirildi.
Vakıf Başkanı Cahit Özden suçlamalara ilişkin şu yanıtı verdi:
"Kurban bayramı öncesi sendika yetkilileri bana müracaat ederek, Darülaceze belediyeye bağlıyken bayramlarda çalışanlara ikramiye veriliyordu. Kurum belediyeden ayrılınca personel bu imkandan mahrum kalıyor' diye ödeme talebinde bulundu. Biz de kurum yetkilileri ile görüştük. yönetim kurulu kararı ile ilgili bu uygulamayı devam ettirme kararı aldık."