Irak'la savaşın bittiği 1988 yazında sağlığı bozulan Humeyni ölmeden önce ailesine "Zor bir yoldayız. Sözlerinize ve hareketlerinize dikkat edin" dedi. Bu onun son sözleriydi

H umeyni'nin kurduğu hükümetin başında ılımlı bir liberal olan Bazergan bulunuyordu. Devrimin ilk gününden itibaren Bazergan hukuk, insan hakları gibi kavramlara saygılı bir yönetim kurmak amacını taşıyordu. Ancak Humeyni için devrimci güçleri kontrol edebilmek daha öncelikli bir konuydu. bu nedenle hukuk ve insan hakları Bezirgan'ın itirazlarına rağmen rafa kaldırıldı.

İdamlar birkaç hafta boyunca aralıksız sürdü. 1981 sonunda idam edilenlerin sayısı 2 bin 500'ü geçmişti. Bazergan idamlar üzerine herkesi şaşırtan bir açıklama yaptı: "Ben Humeyni gibi bir buldozer değil, 2 ayrı dünyanın insanı Humeyni ve Bazergan nazik bir otomobilim. İlerleyebilmem için düzgün yollar gerekir." Humeyni ve Bazergan'ın dünya görüşleri bütünüyle farklıydı.

Ancak şu süreçte bunun Humeyni için bir önemi yoktu. Laik bir toplumda İslami düzeni bir gecede kuramayacağını bilen Humeyni, Bazergan gibi arabuluculara ihtiyacı olduğunu biliyordu. Ülke içindeki muhalif grupların kendisine karşı birleşmemesi için bir sigorta görevi görüyordu Bazergan.

22 Ekim 1979'da kanser hastalığı giderek ilerleyen Şah'ın tedavi için ABD'ye kabul edilmesi İran'da büyük öfke uyandırdı. Aynı dönemde Cezayir'e giden Bazergan'ın Carter'ın Ulusal Güvenlik Danışmanı Zbigniew ABD'nin Tahran Elçiliği neden işgal edilmişti?

Brezezinsky ile el sıkışırken fotoğraflarının yayınlanması ise bardağı taşıran son damla oldu ve Tahran'daki ABD elçiliğinin 444 gün sürecek işgali başlamış oldu. Elçiliğin işgalinden sonraki birkaç gün boyunca Humeyni bu konuda yorum yapmadı. İslami radikallere açık destek vermesi laikleri kızdıracaktı. "ABD askeri müdahale yapamaz. Tüm dünyanın gözleri altında buna cesaret edemez! Rehineleri elimizde tutarız. İşgal halkımızı birleştirdi. Önce anayasayı hazırlayıp meclisi oluşturalım. işimizi bitirince gitmelerine izin verebiliriz." Bu tavrında ısrarcıydı. Kendisine Fransa'da evini açan Beni Sadr bu işin tehlikelerini anlatmaya çalıştığı zaman dinlemedi bile.

Bu arada Irak, İran'la olan savaşı bitirmek için Tahran'a füze saldırılarına başladı. Karşı saldırıya geçen İran Halepçe'yi ele geçirdiğinde Irak sivil halk üzerine kimyasal silahlar atmakta çekinmedi. Sonun başlangıcı: 18 temmuz 1988

Bir ay sonra Irak, ABD istihbaratının da yardımıyla İran'a yönelik yeni bir saldırıya başladı. Hemen hemen aynı günlerde Amerikan donanması da İran'ın petrol kuyularını hedef alan saldırılara başladılar. Son darbe 2 Temmuz 1988'de geldi. Körfezde bulunan bir Amerikan gemisi İran havayollarına ait bir uçağı düşürerek 290 kişinin ölümüne yol açtı. Büyük bir tepki uyandırması gereken bu olay İran'da sessizlikle karşılandı. Halkın artık direnecek ve karşı çıkacak gücü kalmamıştı. 18 Temmuz'da İran'ın koşulsuz bir şekilde BM kararlarını kabul edeceğini açıkladı. Humeyni iki gün sonra yaptığı konuşmasında "İslamın ve Müslümanların çıkarına olduğunu bilmesem asla kabul etmezdim. Ama başka çare yoktu" diyordu. Ateşkesi kabul ettikten sonra adeta yıkılmıştı. Savaşın bittiği 1988 yazında sağlığı iyice bozulmuştu. Artık görmüyordu. Gazeteleri çocukları okuyordu.