MİLLİ Güvenlik Kurulu (MGK) Genel Sekreterliği bünyesinde hükümet için yeraltı harekat merkezi yapılacak. MGK binasında faaliyet gösterecek ve NATO standartlarında yapılacak olan Hükümet Harekat Yeraltı Merkezi için, 2001 yılı bütçesine 15 trilyon 430 milyar yatırım ödeneği konuldu. Kriz dönemlerinde koordinasyon merkezi olarak işlev görecek olan yeraltı harekat merkezi her türlü elektronik sistem ile donatılacak ve gizliliğe de özel önem verilerek son sistem cihazlar konulacak.

MGK Genel Sekreterliği'nin 2001 yılı bütçesi 3 trilyon 48 milyar olarak belirlendi. 3 trilyon genel ödenek verilen Genel Sekreterliğe milli güvenlik hizmetlerinin sağlıklı yürütülebilmesi amacıyla ayrıca 70 milyar liralık örtülü ödenek tahsis edildi.

Başbakanlık bütçesi içinde yer alan MGK Genel Sekreterliği bütçe kanun tasarısında kurumun milli güvenlik politikalarının uygulanmasında koordinasyon görevi ile yükümlü olduğu ifade edilirken yurt çapında yaptığı uygulamalar nedeniyle masraflarının fazlalığı belirtiliyor.