1941 sonbaharında, 2'nci Dünya Savaşı'nın ortasında, Almanlar'ı destekleyen İran müttefikler ve Rusya tarafından işgal edildi. 17 Eylül'de Şah tahttan indirildi. Yerine Prens Muhammed Rıza geçirildi. Muhammed Rıza, karizmatik babasından farklı bir yol izlemek niyetindeydi. Sokaklarda insanlarla sohbet ediyor, onlara sigara ikram ediyordu. Ancak babası kendisine bölünmüş bir ülke bırakmıştı.

Humeyni bu dönemde ılımlılarla mollalar arasında bir yerlerdeydi. Ilımlı tavırlar sergiliyordu ancak laikliğe şiddetle karşı çıkıyor ve şeriat istiyordu. 1942'de yazdığı 'Keşf-ül Esrar' adlı kitapta laikliğe açıkça saldırıyordu.

Ayrıca mollaları da Riyad'daki "deve çobanlarının" peşinden gitmekle eleştiriyor, "Suudi kraliyet çiftliğinden adamlar çağırın da size medeniyet öğretsin" diyordu.

Kitabın bir başka önemi ise ilk kez devletin meşruluğunu sorgulamasıydı. "Hükümet ancak Allah'ın kanunlarını uygularsa meşru olabilir" diyordu: "Tanrı'nın kanunu şeriat demekti ve şeriat'a aykırı tüm kanunlar iptal edilmelidir."

Bu arada Humeyni'nin yıllardır süren öğretmenliği meyvelerini vermeye başlamıştı. Mezun ettiği 200 öğrenci İran'ın dört bir yanına dağılmıştı. Bir din tarihçisi 1950'lerdeki Humeyni'yi, Kum'un en önemli kişiliklerinden ve en büyük hocalarından biri olarak tanımlıyordu.

O ise bir öğretmen olarak görülmek istiyordu. Öne çıkmasını isteyen bir öğrencisini şöyle yanıtlıyordu: "Bırakın hocalığa devam edeyim. Günün birinde Müslümanlar bana ihtiyaç duyarsa göreve hazırım. Ama şu an için başkaları da var. Beni rahat bırakın."

Artık Humeyni'nin kitleleri harekete geçirme konusunda büyük bir başarısı vardı. Bunun tek nedeni etkili konuşmaları ve dini şöhreti değildi. Aynı zamanda kurmaylarını çok iyi seçiyordu.

Bu dönemde Tahran'da güçlü bir esnaf-tüccar kitlesi vardı. Orta sınıfın temsilcisi olan bu kitle sadece dini inançlarından dolayı değil, aynı zamanda Şah'ın politikalarının ticari çıkarlarına verdiği zarardan dolayı da Şah'a karşıydı.

Humeyni bu kesime bir temsilciyle mesaj gönderdi. "Kum-Tahran arası çok uzak değil. Neden düzenli ilişkiler kurmuyoruz? Bizim size söyleyeceklerimiz olabilir..."

Bu kitleyi çok iyi örgütleyen Humeyni arkasına büyük bir güç almış oldu. Tüccarlar Humeyni ne derse yapmaya hazır olduklarını söylüyorlardı: "Emir versin üzerimize bombalar bağlayıp Şah'ın üzerine atlayalım..."

Humeyni ise "henüz zamanı değil" diye yanıt veriyordu: "Gerektiği zaman rica etmeyecek, emir vereceğiz".

Ruhsal bir lider haline gelen Humeyni tüccarlardan kendisine akan paralarla etkisini yaymaya devam ediyordu. Hatta laik kesimden de Humeyni'yi destekleyenler çıkmaya başlamıştı.

Muhalefet bayrağını açan Humeyni, Şah'a bir telgraf çekti. Onu uyarıyordu: Dini görüşlere aykırı bir durum ortaya çıktığında din adamları halkı aydınlatmalıydı. Aksi halde Tanrı'nın gazabı üzerlerinden eksik olmazdı.

Şah'ın tepkisi sert oldu. Kum kentinde bir konuşma yapan Şah, "beyinsiz ve aptal yığın"ı suçladı. Her zaman hazır metinleri okuyan Şah, kağıdı atmış, bağırıyordu: "Milliyetçilik kisvesine bürünmüş bir avuç sakallı aptal ülkenin gelişmesini istemiyor. Bu sefil yığının lideri de Mısırlı Abdül Nasır."

Humeyni bu tavra İran'ın yeni yılı olan Nevruz'da karşılık verdi: "18 yaşında kızları askere alan, İranlılar'ı fahişeliğe sürükleyen yönetimin bayramı kutlanmaz." Doğrusu Şah'ın kızları askere almak gibi bir niyeti yoktu ama halk inanmaya hazırdı. İnandı da.

Karşılıklı saldırılar sürüyordu. Şah'ın kızkardeşi Prenses Eşref önderliğindeki kadınlar birliği onu karalayan bir kampanya başlattı. Kum sokaklarına asılan posterlerde, Humeyni'nin kadına düşkünlüğü ve şehveti vurgulanıyordu.

Ayrıca Humeyni, Mısır ile bağlantıda olmakla ve vatan hainliğiyle suçlandı. Hatta Gizli Servis'ten gönderilen ajan Humeyni'ye Mısır hükümetinden yüklü miktarda yardım teklif etti. Ancak Humeyni durumu anladı ve hükümete koz vermedi.

Humeyni takıyeyi bırakmıştı. Artık doğrudan davranıyordu. Çevresinde efsaneler oluşmaya başlamıştı. Bir rivayete göre Şah, babasının postallarını giyerek üzerine yürüyeceğini söylediği zaman Humeyni, "Babanın postalları sana büyük gelir" demişti.