Malatya DGM Cumhuriyet Başsavcılığı, Müslüm Gündüz hakkında çeşitli yerlerdeki eylemleri ve konuşmaları nedeniyle dava açmıştı. Malatya 2 No'lu DGM da Gündüz'ü laik demokratik cumhuriyet rejimine karşı yasadışı örgüt kurduğu ve bu örgütü yönettiği gerekçesiyle 3713 sayılı Terörle Mücadele Yasası'nın 7. maddesine göre 4 yıl 2 ay ağır hapis ve 2 milyar 833 milyon 333 bin lira ağır para cezasına çarptırmıştı. Yargıtay 9. Ceza Dairesi temyiz istemini sonuçlandırdı. Malatya DGM'nin verdiği mahkumiyet kararını usul ve yasaya uygun bularak onayan Daire, para cezasının yanlış hesaplandığını tespit ederek, kararın bu kısmını düzelterek onadı. Daire, para cezasını 2 milyar liraya indirdi. Gündüz, başka suçlardan aldığı cezalar hariç bu cezası kesinleştiği için infaz hükümleri gereği 34 ay cezaevinde kalacak.