Çeşme ve Alaçatı'daki koyların doğal sit alanı olmaktan çıkarılma kararına karşı dernekler iki ayrı dava açtı. Dilekçede Akdeniz Fokları'nın yaşamının da tehdit altında olduğu ileri sürüldü.
Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın birçok koyu imara açması ile başlayan tartışmalar mahkemelere taşınıyor. Bakanlığın bu kararından sonra 18 Şubat 2006 tarihinde İzmir 1 Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıkarını Koruma Bölge Kurulu'nun Alaçatı ve Çeşme'de doğal sit alanlarının derecelerinin düşürülmesi yönündeki kararıyla ilgili dava süreci başladı. Sualtı Araştırma Derneği (SAD), Ege Doğal Yaşamı Koruma Derneği, Doğa Derneği ve Greenpeace üyesi Banu Dökmecibaşı imzası ile Danıştay 6. Daire'ye iki ayrı dava açıldı. Söz konusu bölgelerin dünyada sayıları sınırlı olan Akdeniz Fokları, Tepeli Karabatak ve Kerkenez'lerin yaşam alanları olduğuna işaret edilirken, "Sadece Türkiye değil, uluslararası hukuk kurallarına göre de bu bölgeler koruma altına alınmalı" denildi. Davanın taraflarından Suaaltı Araştırma Derneği yetkilileri Danıştay'a söz konusu kararın iptali ve yürütmenin durdurulması talebiyle dava açtıklarını ifade ederek, "Eğer bu sırada yürütmeyi durdurma kararı çıkmaz ve yapılaşma başlarsa doğa dernekleri olarak eylemlerle sesimizi duyurmaya çalışacağız" diyor. Doğal sit alanlarının derecelerinin iki, üçe düşürülerek yapılaşmaya açılmasında imzası olan kişilerin biyolojik yaşam ve nesli tükenmiş canlılar konusunda bilgi sahibi olması gerekiğini anlatan dernek yetkilileri şöyle dediler:
Avcılar yoketmiyor "Dünya Doğa Koruma Birliği (IUCN) tarafından koruma altına alınan 12 canlıdan birisi olan ve tüm dünyada toplam sayısının 600-650 civarında olduğu tahmin edilen Akdeniz Fokları'- nın yaklaşık 100 tanesi Alaçatı, Çeşme, Foça bölgelerinde bulunuyor. Kuşadası ile Çeşme arasında bakir kalmış yaklaşık 30-40 kilometrelik alanı yapılaşmaya açmak bu fokların yaşam alanlarını ortadan kaldırmak demektir. Üstelik burada sadece Akdeniz Foku gibi özel hayvanlar değil, yalnız Akdeniz bölgesinde yaşayan Tepeli Karabatak ve Kerkenez gibi canlılar da bulunuyor. Bu canlıların yok olma nedeni avcılar değil, bu tür kararlarla yaşam alanlarının talan edilmesi ve yapılaşmaya izin verilmesi." Bu arada dava dilekçesinde söz konusu kararın sadece Türk hukukuna değil uluslararası hukuka ve sözleşmelere de aykırı olduğuna işaret edilerek bunlar şöyle sıralandı:
* 1976 tarihli Akdeniz'in kirlenmeye karşı korunmasına ait Berselona Sözleşmesi, eski Akdeniz'in Kara Kökenlik Kaynaklarından Kirlenmeye Karşı Korunması Protokolü ile Akdeniz'de Özel Koruma Alanlarına İlişkin Protokol
* 1979 tarihli Avrupa'nın Yaban Hayatı ve Yaşam Ortamlarını Koruma Sözleşmesi (Bern Sözleşmesi)
* 1992 tarihli Biyolojik Çeşitlilik Sözleşmesi (Rio Sözleşmesi)
etmiyor 
