Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer, Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi'nin (MKÜ) 2005-2006 eğitim-öğretim yılının açılış törenine katıldı. Tartışmalara neden olan Ermeni konferansı ile ilgili düşüncelerini de dile getiren Sezer şunları söyledi: "Bilimin gelişmesi ancak özerk üniversitelerde olanaklı olabilir. Özgür tartışmaya ve farklı görüşlerin savunulmasına olanak tanınması bu yükümlülüklerin en başında gelir." Üniversitelerin dogmatizmin savunulduğu yerler olamayacağını ifade eden Sezer, şöyle devam etti: "Özellikle tarihsel ve toplumsal konularda gerçeğin tek ve değişmez olduğunu, bu tek gerçeğin tartışılamayacağını ileri sürmek, böylece karşı görüş sahiplerinin düşünce açıklama haklarını ellerinden almak akademik geleneğe ters düşer. Böyle bir yaklaşım, bilimsel değil, dogmatiktir. Üniversiteler, dogmanın savunulduğu değil, farklı ve karşıt düşüncelerin özgürce tartışıldığı kurumlar olmak zorundadır."