DIŞİŞLERİ Bakanlığı da deklarasyonla eş zamanlı olarak İngilizce ve Türkçe açıklama yayınladı. Açıklamada 'Ek Protokol'ün imzalanmasının Kıbrıs Cumhuriyeti'nin herhangi bir biçimde tanınması anlamına gelmediği belirtilerek, "Türkiye, böylece AB ile tam üyelik müzakerelerine başlamak için üzerine düşeni tam olarak yerine getirmiştir" denildi. Açıklama özetle şöyle denildi: "Bu Protokolün imzalanması, onaylanması ve uygulanmasının; Protokol'de atıfta bulunulan Kıbrıs Cumhuriyeti'nin herhangi bir biçimde tanınması anlamına gelmediğini ve Türkiye'nin Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti ile mevcut ilişkilerinin aynen devam edeceği bir kez daha beyan olunmuştur." Dışişleri Bakanlığı'nın deklarasyon metninin yayınlamasının ardından yaptığı açıklamada ayrıca protokolün ilgili belgelerle birlikte onaylanmak üzere bilahare TBMM'ye sevk edileceği de belirtildi.
